Pasados unos días, Dexter es seguido por su compañero Doakes (Erik King), quién sospecha de él. Debido a ello, Dex no puede matar, pero cuando encuentra la ocasión descubre que la muerte de su hermano le ha dejado secuelas. Es por ello que Rita, notándole extraño, cree que es drogadicto y le da un ultimatum: o va a terapia o su relación se acabará. Así será como Dex asista a esas reuniones y conozca a la extraña Lila West (Jaime Murray), una mujer que se obsesionará con él.
Además, el caso de esta temporada es descubrir la identidad del "Carnicero de la bahía" después de que se encontraran en la bahía Harbor unos cuerpos descuartizados en bolsas de basura. Ese carnicero no es otro que Dexter, quién siempre tiraba allí los cuerpos. A partir de entonces, sus própios compañeros empezaran una búsqueda que él intentará boicotear tras la llegada del agente especial del FBI Frank Lundy (Keith Carradine), un hombre mayor que mantendrá una breve relación con Debra.
En los últimos capítulos, Doakes (Erik King) descubre el secreto de Dex y este lo encarcela, sin saber que hacer con él: no puede matarlo según el código de Harry ni puede dejarlo en libertad ahora que sabe su secreto. La respuesta llegará con la ayuda de Lila (Jaime Murray), la cual provocará una explosión en la caseta donde estaba encerrado Doakes (el cual era el principal sospechoso a ojos de la policía) que acabará con su vida y la "liberación" de Dexter. Después de que Lila sepa que ahora es un peligro para Dex, se marchará a París. Pero "el código de Harry" también es capaz de llegar allí y cobrarse una nueva víctima.